接著，蔣介又寫了一封手諭給石覺說:“想起各運艦(凡已到舟山群島附近者)燈火必須一律管制與熄滅燈光，千萬注意實施為要。”
5月12日，蔣介石著手布置“撤退”來臺灣后軍隊駐地的安排。5月13日，蔣介石又給“空軍副總司令”王叔銘、“海軍第二艦隊司令”黎玉璽、“浙江省主席兼舟山群島司令”石覺寫手諭，指示定海國軍撤退要領。同時，他將撤退的宣傳要旨編寫為:“必須集中全力，確保臺灣，鞏固此唯一反攻之基地，故必須放棄海南與定海各島，方能加強臺防，以免備多力分，重蹈過去之覆轍。”
5月14日，蔣介石又寫手諭給王叔銘、郭寄嶠，指示撤退要旨及密語表。這時，他接到郭寄嶠報告說，舟山海面連日濃霧，天候不佳，接運部隊的船艦無法預定位置，撤退行動尚未展開。蔣介石心中慌亂，在日記中寫道:“乃知昨今二日定海濃霧，運艦不能行動，而且接運各艦多未到達，以事前禁止各艦通電，故其多在何處，亦不得而知。得悉此息，無任憂慮，此乃天時變化，不及預料之事，奈何。”
5月15日，蔣介石因為“昨日定海濃霧運輸艦艇不能進出港口，大部分船艦且未到達”深感憂慮，據說一夜沒合眼。天一亮，他趕緊命令桂永清與柯克火速乘飛機飛往定海督導運輸，以免貽誤。到了晚上，蔣介石又召集周至柔、沈昌煥、陶希圣、張其昀、侯騰、蔣經國、黃少谷、吳國禎、王世杰等研討定海撤退的“宣傳計劃”。
5月16日晚間，蔣介石按照此前制定的“宣傳計劃”，在臺灣廣播電臺宣布“撤離舟山”并解釋“原因”，還提出了“一年準備，二年反攻，三年掃蕩，五年成功”的口號。5月18日，蔣介石又讓宋美齡前往基隆慰問由定海“撤退”來臺之官兵，“至夜始回”。
其實，早在5月15日，我三野司令員陳毅電示第七、九兵團:“舟山守敵在我軍的威迫之下有逃竄的可能，必須立即摸清虛實，采取行動。”當晚，偵察兵連夜過海偵察，證實了陳毅的判斷。三野于16日立即發出全線攻擊的命令，解放軍兵分三路進入舟山。據記載，部隊進入定?？h城及沈家門鎮時，正值5月17日凌晨。除了一些在道頭一帶歡迎的人群外，大部分的居民還在睡覺。部隊不叫門、不進民房，在外面廊檐下休息。由于渡海作戰的供應困難，各部隊進島時，都吃著自帶的干糧。解放軍良好的紀律和艱苦樸素的作風，與當時的國軍形成巨大反差，使民眾極為感動。同年7月，解放軍淞滬警備區九十八師派出部分兵力，分頭攻占大小洋山、泗礁、嵊山、枸杞等島，島上的殘余海匪，或繳械投誠，或全部被殲。至此，舟山群島全部解放。整個戰役共殲國民黨軍8900余人，繳獲各種炮83門，槍支3209支(挺)，電臺16部，汽車22輛，擊沉、擊傷敵艦各1艘。(新華網)