大多數人最初知道方舟子，是因為他持之以恒的學術打假。在他看來，自己因"打假"出名，同樣因"打假"給家人帶來了無盡麻煩。這條毀譽參半的路，貫穿方舟子的一年。
2013年，因指劉菊花（方舟子妻子）碩士論文造假，60歲的中國科學院植物研究所研究員傅德志成為被告。這場始于2011年的風波至今沒有平息，有網文言之鑿鑿"：據分析，劉菊花論文80%為抄襲"，在無數寄望方舟子大義滅親打假的注視下，他選擇為妻子辯護。也正是從這天開始，這位打假者每天都要面對同樣的問題：你打假為什么有雙重標準？
記者：我想跟您做一個假設，如果她不是您的愛人，把她的學術成果放到您的面前，您能挑出問題嗎？
方舟子：要挑的話看按什么標準，她主要是引用的問題。她那篇論文后面也有80篇文獻出處，引用別人的東西，摘錄下來就不做改寫了。按現在的標準這是不妥的，但是在十年前是沒有這些要求的。
記者：您在學術打假這方面的經驗，實際上你已經具備了比較靈活地去運用這個標準的能力，也就是說在應用到不同人身上的時候這個尺度是會有一些差別的。
方舟子：是會有，所以他們一直說我選擇性打假，本來就是應該選擇性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我只是業余的在做，義務地在做。首先我不認為老婆的假值得打，類似的什么沒發表的碩士學位論文，這個我們從來是不打的，即使是說真的是假的話，那么我也有回避的權利。
被罵過，被威脅過，甚至被錘子砸過，方舟子仍蹲守在最初給自己劃下的圓里。對于敏感的經濟問題，他的回答底氣十足。
方舟子：可以說的是，如果說像傳說中的我買了一幢400萬人民幣的房子，按我的收入的話這是很正常的做法，400萬元人民幣的房產在美國那是很普通的。我不知道為什么他們覺得這件事是大不了的，覺得我應該是個窮人。我稿酬那么高，書銷量那么好，版稅也不低，我現在可能是全中國銷量最大的一個科普作家。
三十年前的方舟子曾是家鄉的高考語文單科第一名。在他已棄用的新浪微博簽名中，仍然是他的詩，"請傳遞這一把火直到百年之后我所有絕望的嘶叫凝固"。他不喜歡"偏執"這個詞兒，但他又與別人有著太多不同。
記者：如果讓此刻的方舟子去挑十年前、二十年前方舟子的刺兒，能挑出來嗎？
方舟子：挑不大出來，挑不出來的，不要說我本人挑不出來，他們那些反對我的人，他們去挑我的論文也沒挑出來啊。
記者：論文之外呢？您是一個不犯錯誤的人嗎您覺得？
方舟子：犯錯誤當然肯定會犯，也會被發現錯誤，一發現錯誤趕快就更正。
方舟子說，少年時，自己最喜歡的詩句是杜甫的"兩個黃鸝鳴翠柳，一行白鷺上青天"，天朗氣清，山高水長。而此刻他的生活，遠沒有詩的閑適。（中新網）