6月6日和7月1日，《經濟參考報》分別以《交通院股份：資產負債率高企 募資投向存疑》、《交通院股份改制過程涉嫌違規》為題對江蘇省交通規劃設計院股份有限公司(以下簡稱“交通院股份”)存在的應收賬款和資產負債率長期高企、未經主管部門審批違規改制等問題進行了報道。《經濟參考報》記者進一步調查發現，交通院股份確因違規改制被南京市人民檢察院反貪污賄賂局兩次扣繳近3000萬元，加上江蘇省財政廳追繳的國有資產累計超過5000萬元。雖然檢察院扣繳、江蘇省財政廳追繳等行為均揭示了其違規改制的歷史，但交通院股份在其招股書中自始至終并不認為其改制存在重大違規。
交通院股份招股書稱，根據江蘇省財政廳出具的《江蘇省財政廳關于江蘇省交通規劃設計院(以下簡稱“交通院”)改制凈資產處置的批復》(蘇財企[2005]10號)，交通院自評估基準日(2004年7月31日)到公司制企業設立登記日(2005年8月12日)期間實現利潤而增加的凈資產，需全部上繳國庫。2009年10月15日，江蘇蘇亞金誠會計師事務所有限公司接受江蘇省財政廳委托，對交通院評估基準日至江蘇省交通規劃設計院有限公司(以下簡稱“交通院有限”)注冊登記日的所有者權益變動情況進行審計并出具專項審計報告，認為交通院自評估基準日(2004年7月31日)到公司制企業設立登記日(2005年8月12日)期間實現利潤而增加的凈資產為1878.26萬元。另根據財政部2005年1月26日發出的《關于<企業公司制改建有關國有資本管理與財務處理的暫行規定>有關問題的補充通知》(財企[2005]12號)，期間計提的應付工資、應付福利費、應付職工教育經費，扣除實際發放部分的余額，共計2509.96萬元作為國有資產上繳財政。因此，2010年6月2日，江蘇省財政廳印發《關于原江蘇省交通規劃設計院改制權益差期間收益上繳省財政的通知》(蘇財資[2010]30號)，決定原江蘇省交通規劃設計院改制權益差期間收益應上繳財政4302.47萬元，并在2010年6月20日前繳納。
為什么2005年8月改制完成時不立即進行資產評估，而等到四年多后才進行追加評估并追繳高達4000多萬元的違規收益？此外，由于評估對象一直為評估利益相關人所使用和掌控，這一評估的目的性、真實性和有效性都值得商榷。《經濟參考報》記者進一步調查則發現，交通院股份這一追加評估并上交相關收益的行為其實是不得已而為之。
據招股書顯示，2006年8月，南京市人民檢察院反貪污賄賂局收到有關交通院股份在改企轉制過程中可能存在違法犯罪行為的匿名舉報后即展開調查。2006年10月，南京市人民檢察院要求交通院有限當時的財務部門負責人、負責交通院職工技協賬務處理的會計、交通院職工技協負責人、公司法定代表人協助調查。2006年10月南京市人民檢察院反貪污賄賂局委托會計師事務所對交通院改制事項進行了專項審計，于2006年11月10日和2007年3月6日分別出具《扣押決定書》，分兩次自交通院有限賬戶共收繳1350萬元。南京市檢察院給出的收繳1350萬元的理由是：“交通院改制審計是以2004年7月31日為改制基準日，審計報告提交時間為2004年11月。而交通院2004年度效益工資政策及工資總額在2005年9月才由江蘇省財政廳、人事廳審批完成，因此造成改制審計報告多計提了部分工資總額。該差異所涉款項從交通院有限公司賬戶扣繳。”
顯然，如果不是舉報人舉報，如果沒有檢察機關介入調查，這筆虛支冒領的1350萬元國有資產不會被發現。令人吃驚的是，此后交通院股份違規改制的問題還在繼續發酵。招股書稱，南京市人民檢察院又自交通院職工技協賬戶收繳1454.93萬元，這一收繳行為的起因、過程與南京市人民檢察院自交通院有限賬戶收繳1350萬元相同。檢察機關稱，交通院改制審計時，未將交通院職工技協的資產納入交通院整體國有資產審計范圍是錯誤的，其資產屬于國有資產應上繳國家。
也就是說，又有1454.93萬元的國有資產被檢察機關調查發現并加以追繳，避免了巨額國有資產的流失。在南京市人民檢察院扣繳交通院股份高達近3000萬元的國有資產后的2010年6月，江蘇省財政廳才進行了追加評估并追繳了4302.47萬元改制權益差期間收益。2011年4月5日，江蘇省財政廳印發《江蘇省財政廳關于對省交通運輸廳蘇交法[2011]10號函的復函》(蘇財資[2011]47號)，同意“在省交通規劃設計院有限公司應上繳省財政的改制權益差期間國有收益總額4302 .47萬元中扣減已由南京市人民檢察院提前扣繳并上繳南京市財政專戶的1350萬元”。
對扣繳的1350萬元，交通院股份在招股書中稱，是應上繳財政的改制權益差期間收益的一部分，其性質是南京市人民檢察院收繳并上交南京市財政專戶的款項。而對扣繳的1454.93萬元，交通院股份未作定性解釋。南京市一位不愿具名的律師指出，招股書言辭極其輕松的背后，無法抹去“南京市人民檢察院”的字眼。如果真的沒有違規問題，檢察機關為什么要介入、又為什么要多次扣繳？如果不是檢察機關的介入，巨額國有資產明顯已經流失，把檢察機關的扣繳等同于自己公司上繳的說法回避了違規改制的歷史，顯然有失偏頗。此外，相關主管部門涉嫌瀆職。有業內人士指出，如此明顯存在侵吞國有資產歷史的上市公司，雖然已經被司法部門處理，得到了應有的教訓，但是其在上市時應引起監管部門的注意。
就交通院股份存在的掩蓋違規改制歷史問題，《經濟參考報》記者撥打其招股書公開電話未能聯系上其董秘，記者又將有關書面采訪提綱發至其公開郵箱，截至記者發稿時未有任何回復。