蒙古人對當時金朝政權下的北京城也進行了殘酷的洗劫，每次攻下城后燒殺達幾個月之久，完全搶劫破壞后才撤離。公元1215年，成吉思汗攻陷金國都城中都（也就是現在的北京），對城中居民進行了長達一個月之久的大屠殺，超過100萬人為此殞命，北京這個兩三千年的古城完全消失，現在的北京沒有任何元代以前的建筑，就是這個原因。
在元代以前，中國大的民族在中原有一大分支是羌族，羌族最大的一支黨項族，作為中國一個很有影響的民族就是在西夏時被蒙古人滅絕的。現在有些姓黨的人就是黨項族人后裔。公元1227年，屠夫鐵木真發泄獸欲時，被西夏婦女咬掉了'小弟弟'而最終惡貫滿盈于六盤山。其后，他的繼承者實現了對西夏的征服。出于報復，將西夏境內的居民盡數屠戮。僅西夏都城興慶府（今銀川）就有超過80萬的居民被屠殺，黨項民族也從此滅絕于中華大地。從此羌族在中國歷史上不再有影響力。
元代蒙古人建立橫跨歐亞大陸的蒙古大帝國時，連年征戰，頻繁征兵，能征善戰的契丹族人被征召殆盡，契丹人投靠了蒙古部落，隨戰爭分散到各地，在征討大理的時候發揮了很大的作用，有很多契丹人后來就定居在了云南。還有些契丹人就是現在的達斡爾人，他們就是的契丹人后裔。這就是契丹人為什么消失的歷史之迷。
蒙古人滅花剌子模，屠尋思干（撒馬爾罕）城約百萬人口；滅西夏，屠八十余萬。蒙古人數次西征，凡遇有抵抗，立即屠城，共屠數百城。整個中亞一片廢墟。1258年，旭列兀（拖雷的兒子，忽必烈的兄弟）的蒙古鐵騎攻陷巴格達，大屠巴格達居民。據說120萬人死于屠刀下，以至底格里斯河、河水為之一片血紅！巴比倫人慘遭滅絕。蒙古人的征服過程中，滅國無數，這場屠殺是如此的酷烈，許多民族被斬盡殺絕，從而使他們徹底的湮滅于人類空前的兵兇中，典籍上對他們也只留下了只言片語的記載。
1279年，元軍與宋軍在崖山展開了最后的決戰。混戰幾天后，宋軍不支，張世杰與陸秀夫決定撤退。只是，宋軍的船隊被元軍沖散，陸秀夫不愿被俘虜，眼含淚水背著小皇帝跳海自殺，此后，殘余的宋軍、官員及家眷也紛紛跳海殉國（史載：有數萬之眾殉國），至此，南宋徹底滅亡。當時滅宋的漢奸張弘范在崖山大石上還刻有十二個大字：
鎮國大將軍張弘范滅宋于此.
不過現在多出的兩個字，就是后人加上去的"漢奸"二字。
漢奸張弘范還寫過一首詩："磨劍劍石石鼎裂，飲馬長江江水竭。我軍百萬戰袍紅，盡是江南兒女血"。這也說明了當時戰況和屠殺的慘烈。
遺落在福建一帶的南宋遺民，他們的后人就是現在的閩南客家人。
蒙古兵所到之處，想盡一些辦法把當地人口殺干凈。除了直接屠殺，還焚燒所有的糧倉和房屋，使得逃走的百姓在冬天凍死，踐踏破壞農田和灌溉系統，使得當地人以后完全沒有食物來源而餓死。用腐爛的尸體去污染水源，使得大量人口飲水后染上疾病而死亡。把老百姓趕到海里淹死。有些地方有幸存者，那是因為蒙古軍隊人少，一時找不到他們，或者是急著要出征別處，即使沒有來的及殺完，也就出征了，一點也不能說明那些屠夫有半點殘余的良心。被屠殺城市的幸存者也住不滿城市一角。根據蒙古征服前和征服后人口數量推測蒙古人至少殺了多少人。很多中外歷史學家推測，中國北方至少有80%人口在蒙古入侵時死于非命。成吉思汗的有句名言："男子漢人生最快樂的事，就是殺人性命，奪盡其所有財產，使其根絕，令其親屬痛哭，再奸淫其妻女"。蒙古帝國在中國境內的種族滅絕，作為世界記錄放在《吉尼斯世界記錄大全》1985年版。
那些來自蒙古的征服者似乎不認為在自己統治下的老百姓是人，他們甚至經常考慮把這些占地方的家伙都殺掉，然后把土地用來放牧（元史）。中國人甚至連姓名都不能有，只能以出生日期為名，不能擁有武器，只能幾家合用一把菜刀，漢人村里新媳婦的頭一夜一定要給蒙古保長。在這種淫威下，漢民族有了一次大規模的向東南亞的外遷。