動物演員被訓練、挑選出來后，如何拍戲依然是最大問題，這時候就要看導演的安排、調度了。阿諾就與狼進行了斗智斗勇：比如，他讓劇組在假血里摻雜狼喜歡的味道，嗅覺靈敏的它們就會過來舔舐和打滾；利用汽笛聲引發條件反射，讓它們跑向聲源，然后給予食物獎勵；訓練它們追逐裝有攝影器材的汽車，以此拍攝狼奔跑中的近景。而在拍攝群狼偷襲羊圈的那場戲時，則需要兩組馴獸師大聲呼叫狼演員的昵稱，并且用特殊的鳴笛、口號、指令加以輔助，引導數只蒙古狼翻越羊圈。拍攝狼被困在火山口里，劇組搭建了好幾公里長的護欄，為的是讓狼感到不被禁錮，又不讓它們跑散。那場暴風雪之夜200匹馬對35匹狼的史詩級場面，則完全采用真馬、真狼、真夜景、真暴風雪，7分鐘的段落一共拍了48天。給狼說戲對于阿諾來說很有挑戰，但是難不倒他，畢竟他以往拍攝過《熊的故事》和《虎兄虎弟》，有與動物打交道的豐富經歷。
不過，盡管進行了充足的準備，與動物演戲還是會有意外發生。《狼圖騰》拍攝時，劇組會在現場拉起防護柵欄和防護電網，更有專業團隊隨時保持警惕。盡管如此，馮紹峰還是被狼抓傷。
難：狼明星難伺候，拍一小時就得休息
得：為如何保護動物演員樹立標桿
以往，國內的影視劇從業人員對于動物保護的意識并不濃厚，傷害甚至殺害動物的事件時有發生。如今，隨著人們動物保護意識的加強，動物演員們也開始受到特別呵護，甚至其待遇要超過真人明星。李安導演曾經在接受記者采訪時談到過自己如何在動物保護組織的“監督”下，小心翼翼地伺候《少年派》中的幾位老虎演員。李安稱在劇組里，老虎住的地方堪比五星級賓館，動物保護組織的相關人士會來片場“探班”，劇組也要隨時寫報告給動物組織，進行匯報。
而在《狼圖騰》里，所有的動物也都被盡量地保護起來。中影人士介紹，狼演員們是劇組大腕，通常都是劇組工作人員做好一切準備，真人演員就位后，馴獸師檢查沒有問題，才會讓狼演員出場。而且，劇組成員每天要連續忙碌十幾小時，而狼的工作時間十分嚴格，每隔一小時就得休息。
劇情中不乏狼對羊或者馬匹的追獵、廝殺場面，如何在保證拍攝效果的情況下，不會對動物進行真的傷害？對此，中影人士解釋道：“狼在獵馬時一般先咬住馬尾，讓馬失去重心摔在地上。于是，在拍攝時，劇組將一個假的馬尾裝在馬背上，并把馬放上小拖車，這樣被狼攻擊后不會跌落受傷。馬被咬住時會揚蹄反擊，為了不傷害狼，劇組又使用假馬腿等道具。這些鏡頭都是一閃而過，觀眾不會覺察到破綻。”