臺灣當局領導人馬英九１５日上午７時召開當局高層會議，強烈不滿菲律賓政府對臺灣當局所提通牒作出的回應，決定立即啟動凍結菲勞工來臺工作申請等３項制裁措施。
臺灣當局領導人幕僚機構發言人李佳霏會后轉述說，菲律賓政府對臺灣當局１１日提出的４項要求所作回應“授權不夠、誠意不夠、反復不定”，馬英九對此表示強烈不滿，無法接受如此輕率敷衍的結果，決定立即實施３項制裁措施。馬英九還決定，如果菲律賓政府在１５日下午６時前仍無法滿足４項要求，臺灣當局將再采取第二波、共８項制裁措施。
據臺灣行政管理機構負責人江宜樺在隨后舉行的記者會上披露，第二波制裁措施包括：發布菲律賓旅游警示燈號為“紅色”，不鼓勵臺灣民眾赴菲旅游；停止臺灣與菲律賓高層次交流與互動；停止經濟交流、推廣和招商活動；停止農漁業合作事項；停止科技研究交流和合作計劃等。
９日上午，臺灣屏東縣琉球籍“廣大興２８號”漁船在鵝鑾鼻東南方海域，遭一艘菲律賓公務船開槍掃射，造成船員洪石成身亡。這一事件引發島內民眾激憤。
馬英九于１１日晚召開當局高層會議，決定向菲律賓政府提出正式道歉、賠償損失、徹查事實嚴懲兇手等４項要求。