據了解，2008年國土部開始研究制定小產權房的相關處理意見。各地此前也在等待著國土部的大原則來確定各自的處理辦法。
2012年上半年，北京開始了集中清理整治“小產權房”。當年9月公布了首批79個“小產權房”項目，今年6月又公布了第二批6個項目。
不過，這次北京對于“小產權房”的風暴，刮向的主要是在建和在售的“小產權房”項目，而已售的“小產權房”由于情況復雜，在處理方面，政府還是較為謹慎。
■ 交鋒
黨國英
“從不合法到合法是大勢所趨”
社科院農村發展研究所研究員黨國英認為，如果按照字面的范圍，農村經營性建設用地實際上規模很小，就算全部入市，也不會對目前的土地市場造成沖擊。但是，黨國英認為，現在的規劃和用途管制有很多問題。我國現在雖然出臺城鄉規劃法，但鄉村規劃仍非常隨意，如果不修改規劃法，那么農村可能就按照自己的利益，隨意修改規劃，使得幾十萬行政村都可以入市。
另外，黨國英認為，《決定》出臺后，有可能導致大量農村“小產權房”成為合法的建筑。黨國英認為，這是改革大勢所趨，雖然原來不合法，但是改革的大勢所趨之下，讓原來一些不合法的事情變得合法，也是一種和解，“無非是一部分農民得到一些利益。改革不應只計較這個。”
華生
“小產權房入市破壞社會公正”
經濟學家華生認為，小產權房不符合法治國家的精神，他并不看好小產權房轉正，如果小產權房轉正那就是在鼓勵違法，讓人產生法不責眾的錯覺。
華生在其博客中寫道，能蓋小產權房的農民不是廣大農村的絕大多數農民，而是城中村和城郊的原住民。在用途和規劃管制下，規劃就是錢，原住民的土地無權自由流轉入市獲益，否則，既破壞了社會公正，也是對占人口絕大多數的外來進城農民利益的擠壓和傷害。
河北大學中國鄉村建設研究中心研究員李昌平認為，在沒有修改法律的情況下，就應該嚴格執行法律，該查處就查處，該處罰得處罰。如果現在不處理“小產權房”，而是一下子全部“轉正”，這就意味著違反現有法律，把一切違法合法化，“會帶來嚴重的后果。”
■ 探訪
太玉園小區 原住村民不愿“轉正”
位于通州區土橋城鐵站附近的太玉園小區，以北京乃至全國最大的小產權房住宅區而聞名。國芙蓉是太玉園西區的一名居民，2009年，她以4000元每平米的價格在這里購得一套二手房，房產證是村里發的一個“紅本”。
她回憶，當年準備在這里買房時心里有所顧慮，因為畢竟是小產權，沒有正規的產權證。經過多方打聽，她得知這里也住有張灣村的本地居民，還聽人說雖然是小產權，但也得到建委的“承認”，考慮到低廉的價格，就買了下來。
住在太玉園西區的張先生買得更早。2006年時，這里的房價才2000多元，張先生稱，“關注了這次三中全會，一說建立農村產權流轉，我心里就踏實多了。”他表示，如果能“轉正”，當然更好不過。
國芙蓉也表達類似看法，雖然目前沒有要賣掉房子的打算，但仍希望新政策能使小產權房轉成大產權，據她估計，“轉正”可能會讓業主補繳大產權房應當繳納的土地出讓金，“10萬左右可以接受，再多就不行了。”
而幾位2003年前后搬進太玉園的張灣村村民并不這樣認為，“轉正”后房子雖然可以上市交易，但這對他們來說并無多大意義，“我們就是本地人，房子自己住，現在不用交物業采暖費，住著挺好，如果轉大產權要交錢，還不如不轉。”